รูปแบบพิพิธภัณฑ์ พระอาจารย์วัน  อุตตฺโม มีลักษณะทางสถาปัตยกรรมเป็นอาคารจตุรมุข หลังคารูปทรงเจดีย์ แบ่งออกเป็น ๓ ส่วน คือ

ส่วนที่ ๑ ฐาน

ส่วนที่ ๒ อาคาร

ส่วนที่ ๓ ยอด

ส่วนฐานทำเป็นฐานชั้นเดียว  ยกพื้นสูง  ทำเป็นห้องโถงสำหรับเป็นห้องประชุม และอบรมปฏิบัติธรรม  ผนังห้องมีภาพเขียนเล่าประวัติพระอาจารย์วัน  อุตตฺโม   มีบันไดขึ้นไปที่ตัวอาคารพิพิธภัณฑ์ทั้ง ๔ ด้าน ตัวอาคารเป็นคอนกรีตเสริมเหล็ก ทำเป็นอาคารจตุรมุข มีซุ้มประตูทางเข้า ๓ ทาง  คือด้านทิศตะวันออก    ทิศตะวันตก  และทิศใต้  ผนังด้านนอกตัวอาคารมีภาพนูนสูงเกี่ยวกับพระอาจารย์วัน  อุตตฺโม  ส่วนภายในอาคาร ผนังด้านทิศเหนือมีรูปเหมือนของท่านประดิษฐาน ด้านหน้ามีอัฐิธาตุ  ตามผนังจัดแสดงเครื่องอัฐบริขาร  ส่วนยอดทำเป็นหลังคายอดเจดีย์ดอกบัวกลม ส่วนที่เหนือจากยอดทำเป็นพุ่มประดับ