ในสมัยรัชกาลที่ 2 เกิดศึกเจ้าอนุวงศ์ขึ้น เจ้าอนุวงศ์ได้ยกทัพขึ้นตีเมืองนครราชสีมา เรื่อยไปจนถึงเมืองสระบุรี ขากลับได้กวาดต้อนคนจากแถบฝั่งขวาของแม่น้ำโขง ข้ามฟากไปเมืองเวียงจันทน์ เพื่อที่จะสะสมกำลังผู้คนต่อไป

ต่อมาพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ปราบกบฎเจ้าอนุวงศ์เวียงจันทน์เสร็จสิ้น ทรงมอบนโยบายให้นำคน ที่เจ้าอนุวงศ์กวาดต้อนมาพร้อมกับชาวเมืองในละแวกนั้น กลับมายังฝั่งขวาของแม่น้ำโขง โดยมีพระยาสุนทรราชวงศา เจ้าเมืองนครพนม และเจ้าเมืองยโสธรพร้อมด้วยเจ้าเมืองสกลนคร คือ พระยาประจันตประเทศธานีไปเกลี้ยกล่อมเจ้าเมือง ท้าวเพีย ตลอดจนผู้คนที่อยู่ตามเมืองต่าง ๆ ให้ข้ามมาตั้งถิ่นฐานบ้านเรือน อยู่ทางฝั่งขวาของแม่น้ำโขงจากการเกลี้ยกล่อมในครั้งนี้ ปรากฎว่ามีผู้คนอพยพเข้ามาจำนวนมาก โดยเฉพาะจากเมืองฮ่อมท้าวฮูเซ หรือบางทีเรียกเมืองฮ่อมท้าว โดยมีท้าวติวสร้อยเป็นหัวหน้าและมีกลุ่มผู้นำอีกหลาย ๆ คนเช่น ท้าวศรีสุนาครัว ท้าวจันทนาม ท้าวนามโคตร ซึ่งผู้คนที่อพยพมาในครั้งนั้นมีจำนวนมากถึงสามพันกว่าคน เข้ามาเลือกหลักแหล่งทำเลที่ตั้งบ้านเรือนเพื่อทำมาหากิน และได้ตัดสินใจเลือกเอาบริเวณริมลำน้ำยาม ซึ่งเป็นสาขาของแม่น้ำสงครามเป็นที่ตั้งบ้านเรือนและเรียกบ้านตนเองว่า “บ้านม่วงริมยาม” หรือบางคนเรียกว่า “บ้านท่าเมืองฮ้าง” เพราะสันนิษฐานว่าที่นี่เคยเป็นเมืองร้างมาก่อน  ต่อมาทางกรุงเทพ ฯ ได้แต่งตั้งเจ้าเมืองขึ้นปกครองโดยอยู่ภายใต้การปกครองของเจ้าเมืองสกลนคร คือพระยาจันตประเทศธานี แต่มีชาวโย้ยบางกลุ่มที่ไม่ยอมสมัครใจอยู่ภายใต้การปกครองของเจ้าเมืองสกลนคร แต่ไปสมัครใจขึ้นต่อพระยาสุนทรราชวงศาเจ้าเมืองนครพนมแทน ทางคณะลูกขุนศาลาในกรุงเทพ ฯ จึงกำหนดให้ท้าวศรีสุราช ซึ่งเป็นเจ้าเมืองและท้าวเพีย พร้อมด้วยชาวบ้านม่วงริมยามขึ้นมาทำราชการอยู่กับเมืองนครพนม และได้ตั้งบ้านเรือนอยู่ ณ บ้านม่วงริมยาม โดยมีจำนวนประชากรที่เริ่มตั้งบ้านเมืองประมาณสองพันกว่าคนในเวลาต่อมา พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้ยกบ้านม่วงริมยามขึ้นเป็นเมือง เปลี่ยนชื่อเป็นเมืองอากาศอำนวย และโปรดเกล้า ฯแต่งตั้งท้าวศรีสุราชเป็น หลวงพลานุกูล เป็นเจ้าเมืองอากาศอำนวย พร้อมทั้งพระราชทานเครื่องยศตามตำแหน่งเมือง จ.ศ.1216 (พ.ศ.2396)
นอกจากชาวไทยโย้ยกลุ่มใหญ่ ที่ได้ตั้งบ้านเรือนอยู่ที่เมืองอากาศอำนวยแล้วยังมีชาวไทยโย้ยบางส่วนอพยพไปตั้งบ้านเรือนขึ้นที่เมืองวานรนิวาสในปี พ.ศ.2404 และในปีพ.ศ.2406 ได้ตั้งเมืองที่บ้านโพนสว่าง หาดยาวริมห้วยปลาหาง ทำให้ประชากรที่เมืองอากาศอำนวย มีจำนวนลดลงตามลำดับ เมื่อมีการปฏิรูปการปกครองในปี พ.ศ. 2435 เปลี่ยนการเรียกเมืองเป็นจังหวัด อำเภอ ตำบลตามลำดับ เมืองอากาศอำนวย มีฐานะเป็นอำเภออากาศอำนวย จนถึง พ.ศ.2457 ได้มีราชกิจจานุเบกษา ยุบอำเภออากาศอำนวยไปรวมกับอำเภอท่าอุเทน จังหวัดนครพนม เมืองอากาศอำนวยจึงมีสภาพเป็นเพียงตำบลหนึ่งของอำเภอท่าอุเทนเท่านั้น ต่อมาปี พ.ศ. 2458 ได้มีการปฏิรูปการปกครองหัวเมืองใหม่อีกครั้ง เทศาภิบาลมณฑลอุดรธานี ได้มาตรวจราชการที่อำเภออากาศอำนวย เห็นว่าการคมนาคมและการติดต่อไปมากับจังหวัดนครพนมไม่สะดวก เพราะอำเภออากาศอำนวยอยู่ห่างจากตัวจังหวัดนครพนมมาก จึงเสนอขอเปลี่ยนแปลงเขตการปกครองใหม่ โดยยุบอำเภออากาศอำนวย เป็นตำบลอากาศ และให้ขึ้นอยู่ในความปกครองของอำเภอวานรนิวาส จังหวัดสกลนครจนกระทั่งถึงปี พ.ศ. 2506 จอมพลสฤษดิ์ ธนะรัชต์ นายกรัฐมนตรี ได้มาตรวจราชการที่ภาคอีสาน และได้มาเยี่ยมที่ตำบลอากาศด้วย ได้พิจารณาเห็นว่าตำบลอากาศตำบลวาใหญ่ ตำบลโพนงาม และตำบลโพนแพง รวม 4 ตำบล ตั้งอยู่ห่างจากที่ว่าการอำเภอวานรนิวาส การติดต่อไปมาของราษฎรตำบลกับที่ว่าการอำเภอไม่สะดวก อีกทั้ง 4 ตำบลดังกล่าวมีบ้านเรือนราษฎรตั้งอยู่หนาแน่น พอที่จะจัดตั้งเป็นกิ่งอำเภอได้ และสาเหตุอีกประการหนึ่งคือ เป็นท้องที่มีผู้ก่อร้ายแทรกซึมและเผยแพร่ลัทธิคอมมิวนิสต์อยู่เป็นจำนวนสมควรที่จะมีเจ้าหน้าที่บ้านเมืองออกไปควบคุม ดูแลและป้องกันอย่างใกล้ชิดจึงได้ยกฐานะขึ้นเป็นกิ่งอำเภอ ขึ้นกับอำเภอวานรนิวาส เมื่อวันที่ 15 พฤษภาคม พ.ศ. 2506 และต่อมามีความเจริญมากขึ้นจึงได้ยกฐานะขึ้นเป็นอำเภอ เมื่อวันที่ 2 กรกฎาคม พ.ศ.2508 จนถึงปัจจุบัน